Um dos objectivos da investigação de paternidade é o de determinar se o pretenso pai em questão é ou não excluído da paternidade do investigante. Dado o par biológico mãe-filho como verdadeiro, determinam-se os alelos que devem ser transmitidos pelo pai biológico. No caso de existirem incompatibilidades genéticas entre o pretenso pai e o investigante, o pretenso pai será excluído da paternidade em questão quando se detectarem, pelo menos 3 ou mais incompatibilidades genéticas.
Quando não existem incompatibilidades genéticas nos sistemas estudados e considerando ausência de parentesco biológico, tal como pai, filho ou irmão, entre o pretenso pai indigitado e o pai biológico, determina-se a probabilidade que o pretenso pai tem de ser o pai biológico do investigante.
